Pengembangan sub sektor perikanan dan kelautan juga menjadi perhatian pemerintah guna memacu pertumbuhan sektor pertanian di Kabupaten Sumba Timur. Kekayaan laut yang dimiliki masih membutuhkan pengembangan, baik hasil ikan maupun non ikan. Komoditi perikanan dan kelautan yang potensial adalah ikan (tuna, ekor kuning, kombong, tembang, tenggiri dan blue marlyn), cumi-cumi, nener, teripang, lobster, kulit kerang, sirip hiu, rumput laut jenis cottoni dan spinosum. Selain komoditi potensial diatas terdapat potensi perikanan darat berupa tambak, kolam, perairan umum, balai benih ikan, namun masih membutuhkan sentuhan teknologi dan modal untuk mampu meningkatkan pendayagunaan hasil kelautan terutama untuk budidaya rumput laut, mutiara abalone dan hasil laut lain serta pengolahannya.